Одним из методов очистки питьевой воды является отстаивание в бассейнах-отстойниках. При этом взвешенные частицы оседают, а вместе с ними и большинство бактерий. Более полная очистка достигается коагуляцией воды сернокислым алюминием. Образующиеся хлопья, оседая, увлекают взвешенные частички и микроорганизмы. Далее воду фильтруют через песочные фильтры. На фильтрах задерживается до 98 — 99 % остававшихся в воде бактерий. Однако и после фильтрации в ней всё ещё содержится некоторое их количество, в том числе возможны и болезнетворные формы. Поэтому воду после фильтрации чаще всего подвергают дезинфекции, чаще всего хлорированием.
Хлорирование — доступный способ обеззараживания воды, позволяющий уничтожить многие, в том числе паратифозные, бруцеллезные и другие бесспоровые патогенные микроорганизмы. Действие обработки сказывается на микробы в течение всего времени нахождения в воде остаточных количеств хлора. Для хлорирования используется хлорная известь. Выделяющийся активный хлор, обладая окисляющими свойствами, губительно действует на бактерии при достаточном его содержании. Может употребляться в этих же целях и газообразный хлор.
Перспективной является обработка воды в целях обеззараживания ультрафиолетовыми лучами. Они в отличие от хлора не придают воде неприятного привкуса, более губительны для спор бактерий. Недостаток этого метода, препятствующий повсеместному его использованию, — слабая эффективность при обработке вод с пониженной прозрачностью.