Но опасные следствия Флорентийского собора не могли ограничиться для Юго-Западной Руси одною попыткою Исидора: папы не любили отказываться от того, что раз каким бы то ни было образом попадало в их руки, а литовский князь, католик, не мог препятствовать намерениям главы католицизма. В 1458 году отъехавший в Рим константинопольский патриарх Григорий Мамма поставил Григория, ученика Исидорова, в митрополиты на Русь. В Москву дали знать об этом немедленно, и еще до прихода Григория в Литву великий князь Василий послал сказать королю Казимиру, чтоб тот не принимал митрополита из Рима, на общего отца. Иону, но вводил новизны, не нарушал старины. "Старина же наша, - писал Василий, - которая ведется со времен прародителя нашего Владимира, крестившего Русскую землю, состоит в том, что выбор митрополита принадлежал всегда нашим прародителям, великим князьям русским, и теперь принадлежит нам, а не великим князьям литовским; кто будет нам люб, тот и будет у нас на всей Руси, а от Рима митрополиту у нас не бывать, такой мне по надобен; и ты, брат, ни под каким видом не принимай его, если же примешь, то ты церковь божию разделишь, а не мы". Иона, не могший сам отправиться в Литву по причине старости и болезней, отправил туда двух архимандритов с посланием к православным епископам, князьям, панам и боярам, чтоб стояли за православную веру твердо, помня древнее законоположение, установленное на седми соборах. В Москве созван был собор из владык Северной Руси, рукоположенных митрополитом Ионою: владыки дали здесь обещание - от святой церкви соборной Московской и от господина и отца своего Ионы митрополита всея Руси быть неотступными и повиноваться во всем ему и преемнику его, кто будет поставлен по избранию св. духа, по правилам апостолов и св. отцов, по повелению господина великого князя Василия Васильевича, русского самодержца, в соборной церкви св. Богородицы, на Москве, у гроба св. Петра митрополита, русского чудотворца; к самозванцу же Григорию, ученику Исидорову, от которого произошло разделение московской соборной церкви с киевскою церковию, не приступать, грамот от него никаких не принимать и совета с ним ни о чем не иметь. Это обещание, обнародованное в соборной грамоте, важно для нас в том отношении, что здесь впервые указано на Москву как на престольный город русской митрополии: владыки клянутся не отступать от московской соборной церкви св. Богородицы; до сих пор митрополит назывался киевскими всея Руси, в этой же грамоте он называется просто митрополитом всея Руси, или русским; потом в этой грамоте определен и на будущее время образ поставления митрополита русского: законный митрополит русский отныне есть тот, который будет поставлен без всякого отношения к Византии в Москве по повелению московского князя. Владыки северные, бывшие на соборе, - ростовский, суздальский, коломенский, сарайский, пермский - отправили также грамоту к литовским - черниговскому, полоцкому, смоленскому, туровскому и луцкому - с увещанием не принимать митрополита от латин; Иона послал от своего имени окружное послание к литовским епископам в том же смысле, писал и отдельно епископам черниговскому и смоленскому, увещевая не принимать Григория, в случае принуждения приглашал их в Москву как в безопасное убежище от латинских насилий; в противном случае грозил великою тягостию церковною; наконец, писал и всему остальному православному народонаселению литовско-русских областей; обещался посетить свою литовскую паству, как только получит облегчение от болезни, увещевал не принимать Григория, не слушать его учения, которое подобно Македониеву, страдать за православие даже и до смерти, потому что таким страдальцам готов венец мученический. Но все эти меры остались тщетными: Казимир не мог не принять митрополита из Рима; он даже присылал уговаривать и великого князя Василия признать Григория общим митрополитом по той причине, что Иона уже устарел. Московский князь, разумеется, не согласился, и митрополия русская разделилась окончательно. Иона не долго пережил это печальное для него событие: он умер в 1461 году, назначив себе преемником Феодосия, архиепископа ростовского, который и был поставлен, по новому обычаю, в Москве собором северных русских владык.
Таковы были главные явления истории русской церковной иерархии в описываемое время. Мысль, естественно явившаяся впервые тогда, когда Андрей Боголюбский задумал дать Северной Руси отдельное, самостоятельное существование и даже господство над Южною Русью, - эта мысль осуществилась, когда обе половины Руси разделились под две равно могущественные и враждебные одна другой династии: вследствие этого разделения разделилась и митрополия, причем посредствующими явлениями опять вследствие явлений политических было образование отдельной Галицкой митрополии и перенесение киевского митрополичьего стола на север. Это перенесение, бедствия Византии, смуты, Флорентийский собор, наконец, падение империи высвободили московскую митрополию из непосредственной зависимости от константинопольского патриархата. Флорентийский собор и поведение Исидора имеют важное значение в нашей истории потому, что заставили Северо-Восточную Русь окончательно и резко высказаться насчет соединения с Римом; понятно, что решительность московского правительства держаться отеческого предания, древнего благочестия и не допускать никаких новизн в церкви принадлежит к числу явлений, определивших будущие судьбы Восточной Европы. В поведении русских митрополитов при всех этих важных и решительных обстоятельствах, действовавших в продолжение описанного периода, всего лучше можно заметить великое влияние византийских отношений, характера восточной церкви. Митрополиты русские не стараются получить самостоятельное, независимое от светской власти существование. Пребывание в Киеве, среди князей слабых, в отдалении от сильнейших, от главных сцен политического действия, всего лучше могло бы дать им такое существование; но Киев не становится русским Римом: митрополиты покидают его и стремятся на север, под покров могущества гражданского; и на севере не долго остаются во Владимире, который, будучи покинут сильнейшими князьями, мог бы иметь для митрополитов значение Киева, но переселяются в стольный город одного из сильнейших князей и всеми силами стараются помочь этому князю одолеть противников, утвердить единовластие. Борьбами, сопровождавшими это утверждение, значением, которое получают здесь митрополиты, значением, которое придают им сами князья, митрополиты вовсе не пользуются для утверждения своего влияния, своего господства над князьями, за свою помощь не выговаривают себе особых прав и для упрочения этих прав не стараются раздорами уменьшить силу князей, не стараются для князя сильнейшего, опаснейшего для их прав возбуждать соперников и усиливать их своим влиянием, как то делывалось на западе; напротив, стараются как можно скорее усилить одного князя на счет всех других, вследствие чего власть церковная и гражданская должны были стать в те же отношения, в каких они были в Византии: все, следовательно, показывает, откуда идет предание и пример.