Дьявол, говорит летописец, вложил Борису мысль все знать, что ни делается в Московском государстве; думал он об этом много, как бы и от кого все узнавать, и остановился на том, что, кроме холопей боярских, узнавать не от кого. Начали тайно допытываться у людей князя Шестунова о замыслах господина их. Один из них, какой-то Воинко, явился с доносом. Что он объявил о Шестунове - неизвестно, вероятно, что-нибудь не стоящее внимания, потому что князя оставили на это время в покое, но доносчику сказали царское жалованное слово пред Челобитным приказом на площади, выставили перед всем народом его службу и раденье, объявили, что царь дает ему поместье и велит ему служить в детях боярских. Это поощрение произвело действие страшное: боярские люди начали умышлять всякий над своим боярином; сговорившись между собою человек по пяти и по шести, один шел доводить, а других поставлял в свидетели. Тех же людей боярских, которые не хотели душ своих погубить и господ своих не хотели видеть в крови, пагубе и разорении, тех бедных мучили пытками и огнем жгли, языки им резали и по тюрьмам сажали. А доносчиков царь Борис жаловал много, поместьями и деньгами. И от таких доносов была в царстве большая Смута: доносили друг на друга попы, чернецы, пономари, просвирни, жены доносили на мужей, дети - на отцов, от такого ужаса мужья от жен таились, и в этих окаянных доносах много крови пролилось неповинной, многие от пыток померли, других казнили, иных по тюрьмам разослали и со всеми домами разорили - ни при одном государе таких бед никто не видал. Люди происхождения знаменитого, князья, потомки Рюрика, доносили друг на друга, мужчины доносили царю, женщины - царице; так, князь Борис Михайлович Лыков в челобитной на князя Пожарского, поданной царю Василию Шуйскому, говорит: "Прежде, при царе Борисе, он, князь Дмитрий Пожарский, доводил на меня ему, царю Борису, многие затейные доводы, будто бы я, сходясь с Голицыными да с князем Татевым, про него, царя Бориса, рассуждаю и умышляю всякое зло; а мать князя Дмитрия, княгиня Марья, в то же время доводила царице Марье на мою мать, будто моя мать, съезжаясь с женою князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского, рассуждает про нее, царицу Марью, и про царевну Аксинью злыми словами. И за эти затейные доводы царь Борис и царица Марья на мою мать и на меня положили опалу и стали гнев держать без сыску".
Подан был донос на Романовых. Летопись рассказывает дело так: дворовый человек и казначей боярина Александра Никитича Романова, Второй Бартенев, пришел тайно к дворецкому Семену Годунову и объявил, что готов исполнить волю царскую над господином своим. Семен по приказу царя наклал с Бартеневым в мешки разных кореньев и велел Бартеневу положить их в кладовую Александра Никитича. Исполнивши это, Бартенев явился с доносом, что у господина его припасено отравное зелье. Царь послал окольничего Салтыкова обыскать; тот нашел мешки и привез их прямо на двор к патриарху; собрано было туда множество народа, пред которым высыпали коренья из мешков. Привели Романовых, Федора Никитича с братьями. Многие бояре пышали на них, как звери, и кричали; обвиненные не могли ничего отвечать от многонародного шума. Романовых отдали под стражу вместе со всеми родственниками их и приятелями - князьями Черкасскими, Шестуновыми, Репниными, Сицкими, Карповыми. Федора Никитича с братьями и племянника их князя Ивана Борисовича Черкасского приводили не раз к пытке; людей их, мужчин и женщин, пытали и научали, чтоб они что-нибудь сказали на господ своих, но они не сказали ничего. Долго держали обвиненных за приставами в Москве, наконец в нюне 1601 года состоялся приговор боярский: Федора Никитича Романова, человека видного, красивого, ловкого, чрезвычайно любимого народом, постригли и под именем Филарета послали в Антониев Сийский монастырь; жену его Аксинью Ивановну также постригли и под именем Марфы сослали в один из заонежских погостов; ее мать, Шестову, - в Чебоксары, в монастырь; Александра Никитича - в Усолье-Луду, к Белому морю; Михаилу Никитича - в Пермь, в Ныробскую волость; Ивана Никитича - в Пелым; Василия Никитича - в Яренск; мужа сестры их, князя Бориса Черкасского, с женою и с племянниками ее, детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и маленькою сестрою его, с теткою их, Настасьею Никитичною, и с женою Александра Никитича - на Белоозеро; князя Ивана Борисовича Черкасского - в Малмыж, на Вятку; князя Ивана Сицкого - в Кожеозерский монастырь; других Сицких, Шестуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.
Только двое из братьев Романовых пережили свое несчастие - Филарет и Иван Никитичи. В смерти остальных упрекают Годунова, но несправедливо, как свидетельствует дошедшее до нас дело о ссылке их. Из этого дела узнаем, что с Васильем Никитичем был отправлен человек его для прислуги; приставу дан был такой наказ: "Везти дорогою Василья бережно, чтоб он с дороги не ушел и лиха никакого над собою не сделал; беречь, чтобы к нему на дороге и на станах никто не приходил и не разговаривал ни о чем и грамотами не ссылался; а кто придет к Василью и станет с ним разговаривать или принесет письмо, то этого человека с письмом схватить и прислать в Москву или, расспрося, отписать к государю; а кто доведется до пытки, тех пытать и расспрашивать подлинно. Приехавши в Яренск, занять для себя и для Василья двор в городе от церкви, от съезжей избы и от жилых дворов подальше; если такого двора нет, то, присмотря место, велеть двор поставить подальше от жилых дворов да чтобы прохожей дороги мимо двора не было. На дворе велеть поставить хоромы: две избы да сени, да леть, да погреб, чтоб около двора была городьба. С двора Василья и детины его никуда не спускать, и беречь накрепко, чтобы к Василью и к человеку его никто не подходил. Корму Василью давать с человеком: по калачу да по два хлеба денежных; в мясные дни - по две части говядины да по части баранины; в рыбные дни - по два блюда рыбы, какая где случится, да квас житный; на корм послано сто рублей денег. Что Василий станет говорить, о том пристав должен отписать государю".