Мы видели, какую жизнь сообщили нашим сношениям с Грециею нужды русской церкви - исправление книг и Никоново дело. Мы видели, какую важную роль в последнем деле играл Паисий Лигарид, видели, что он хотел оставить Москву при окончании дела. Не знаем - волею или неволею, но он остался в Москве. Летом 1667 года он бил челом государю: "Служу я тебе, великому государю, на Москве седьмой год, а жалованья идет мне на день 11018 алтын по 4 деньги, и этим мне с людьми прокормиться нельзя". Просьба не была исполнена, велено давать прежнее жалованье. Чтобы показать свою службу, Лигарид подал царю письмо, в котором извещал об известном пророчестве, находящемся в житии Андрея-юродивого, что белокурый народ овладеет Константинополем. Паисий, разумеется, прилагает это пророчество к русским, толкует и о князе росском Мосохе, в котором видит москвича. Но Лигарид не мог заниматься в Москве покойно толкованием пророчеств: в 1668 году иерусалимский патриарх Нектарий писал к царю: "Даем подлинную ведомость, что Паисий Лигарид отнюдь не митрополит, не архиерей, не учитель, не владыка, не пастырь, потому что столько лет как покинул свою епархию и, по правилам св. отец, архиерейского чина лишен. Он с православными православен, а латины называют его своим, и папа римский берет от него ежегодно по двести ефимков; а что он, Паисий, брал милостыню для престола апостольской соборной церкви, то лютый волк послал с племянником своим на остров Хиос". Грамота, как видно, не произвела никакого действия, потому что вскоре после ее получения сделано было следующее распоряжение: "Пожаловал великий государь газского митрополита Паисия, велел ему дать жалованье вместо прибавки корму сто рублей: двор, где он стоит, осмотреть и, что ветхо, починить, да с вин, которые купят в Архангельске, пошлин не брать".
Чтоб не было, однако, вперед подобных доносов, Лигарид обратился с просьбою о помощи к логофету константинопольской церкви Константину, писал, что враги оклеветали его, что осуждение произнесено неправильно. "Я не проводил жизни моей, - пишет Лигарид, - в сластолюбии, пьянстве и блуде; смолоду возлюбил я мудрость, с большими трудами и издержками прошел морской путь из любви к учению. Называют меня латиномысленным и еретиком, но я латинским повелениям не повинуюсь, общего у меня с латинами - одна наука, вместе с ними я был и есмь ревнитель древним философам афинским Ливанию и Ямвлиху, богу добрым служителям. Заступись за меня, преученый муж! Чтобы невежды не тщеславились и не превозносились; будь ходатай и помощник делом и словом". Логофет показал эту грамоту преемнику Нектария Досифею. Тот сильно рассердился на Лигарида, увидав резкие выражения его о своих врагах и гонителях, к которым принадлежал и Нектарий. Но явился царский посланный с просьбою - простить Лигарида и прислать ему разрешительную грамоту. Не исполнить просьбы было нельзя, разрешительную грамоту послали в Москву, и Досифей сорвал сердце, написавши только на Лигаридовой грамоте к логофету: "Если бы не было святого ходатайства царева, то узнал бы ты, кто мертводушен и беден, тот ли, кто 15 лет как оставил паству без пастыря, или тот, кто полагает душу свою за овцы? Исполнилась на тебе басня Эзопова: козел бранил волка с высокого места; ты сам по себе невелик и глуп, бесчеловечен и бесстыден, только место, где пребываешь, - двор царский. Уцеломудрись хоть теперь".
В конце 1672 года Лигарид собрался в Палестину, но, доехав до Киева, остановился здесь и долго жил, служа великому государю, донося о тамошних делах. Так, в 1675 году он писал к Матвееву: "По боге и царе в тебе имею заступника милостивейшего, помоги мне некиим даром вместо милостыни, умоли, чтобы мне позволили служить по-архиерейски. Собирают здесь много денег отовсюду, а кому и на что собирают - не знаю. Изволь об этом розыскать, о бодрейший Киева страж! Разузнай, на что митрополичьи доходы обращаются? Здесь носятся слухи, будто епископ Мефодий освобожден и киевским митрополитом поставлен. Стереги крепко и радей, чтобы этого не было, ибо великая будет смута между духовными и мирскими; до сих пор еще жив раздор и измена, учиненная недавно и бывшая причиною столь великого побоища. Вопиет и св. София, на починку которой взял 14000 рублей у царского величества, о других его своевольствах молчу".
Скоро после этого пришел в Киев царский указ, чтоб Лигарид немедленно возвратился в Москву. Он счел это опалою и, приехав в Москву, написал государю: "Воспевал пророк и царь Давыд в десятострунном своем псалме: не отврати лица твоего от отрока твоего, яко печалюся, скоро услыши мя; то же смею и я возгласить к тебе, единодержавцу-царю: не отврати светлейшего лица твоего от меня, яко погибну душою и телом: особенно печалюсь, потому что не знаю причины моего возвращения". В январе 1676 года Лигарид обратился к Матвееву с жалобами, что умирает от голода и жажды, что просьбы его на смех пересылают из приказа в приказ, что одолжал вследствие большого и трудного путешествия, что для службы церковной нет у него ни священника, ни диакона, ни певца, ни иподиакона: "Ты заботишься обо всем в богатейшем царстве: забыл только обо мне, архиерее". Об нем вспомнили и велели давать корм по-прежнему. Чем занимался Лигарид, видно отчасти из того, что он привез в Москву из Киева иеромонаха Виссариона, бывшего начальника школ киевских, "для пособия себе в тщаниях и службе царского величества".