Недуховные стремления Никона были особенно вредны в то время, когда ввиду страшного переворота нужно было собрать нравственные силы духовенства и дать ему достойное вооружение для разного рода опасных встреч. Чтобы поддержать значение духовенства, нужно было стать в челе движения, совершавшегося без спросу с кем бы то ни было, нужно было начать преобразования в церкви; но эти преобразования нельзя было ограничить требованиями большего порядка во внешнем богослужении, рассылкою нескольких благонамеренных указов, причем посылались указы и о том, чтоб перекрещивать православных белорусов; церковь требовала преобразований другого рода. Нужно было соединять духовенство, разделявшееся на черное, властвующее, и белое, подчиненное, соединять любовными, благодушными отношениями властвующего к подчиненному; нужно было всеми силами противодействовать утверждению в духовном управлении системы кормления, чтобы на подчиненное духовенство не смотрели как только на тяглое, обязанное кормить начальствующих, чтоб эти начальствующие не заражались властелинским, воеводским духом и чтоб подьячие их не были похожи на воеводских подьячих. К несчастью, не только мелочной Иосиф, но и преемник его Никон по характеру своему не был способен мягко и благодушно относиться к подчиненным, уважать в них высокость пастырского сана и поднимать их этим самым уважением. Послышались сильные жалобы на Иосифа и Никона, что они переменили прежнее благодушное обращение патриархов со священниками, перестали обращать внимание на их положение, отдали их на жертву своему ненасытному дьяку, этому Кокошилову, приобретшему такую печальную известность в Москве: священник должен был дарить не только Кокошилова и жену его, но и слуг, иначе просителя и на двор не пускали. В областях то же самое: в большие праздники подчиненным нужно было обдарить более сорока лиц, приближенных к архиерею: казначея, приказного, двух дьяков, шестерых подьячих, стряпчего, дворецкого, житника, ключника, ризничего, чашника, гвоздаря, придельного попа и дьякона, архиерейских келейников, казначейского келейника, пономарей и звонарей, приказного сторожа, воротного сторожа, протопопа с братиею, подьяконов, иеромонахов, иеродьяконов. Мы теперь не можем объяснить, каким образом в этот список даримых попали две женщины, и одна с двумя сыновьями, из которых каждого должно было дарить; про то знали современники. Для священника двери патриаршего дома были заперты, не смел он прийти к патриарху, поговорить о важных делах, касавшихся его служения, испросить разрешения недоумений, а для мирян, для женщин двери были отворены. Мы не можем отвергать этих жалоб на том основании, что они шли от защитников Иосифовского исправления книг, ибо жалобщики соединяют Никона с Иосифом, упрекают Никона за то, что он подражал Иосифу. По удалении Никона наступило в церкви продолжительное междупатриаршие, которое также должно было иметь вредные последствия для духовенства в такое важное для него время. Знаменитый Кокошилов остался с прежним значением, и жалобы на него не прекратились. В 1661 году били челом на него патриаршие дети боярские: "Обогатясь многою домовою казною, начал ныне принимать в патриарший дом племянников своих и богатить их, а нас изгоняет и губит; принял он в патриарший дом племянника своего и отпустил его на две десятины лучшие, а прежде на те десятины посылываны мы на жалованье, человека по два и по три, а иные десятины, на которых десятильничья доходу собирается побольше, Кокошилов берет за себя. Покупил себе многие вотчины и на Москве большие дворы. Делает это, надеясь на свою мочь, что сидит в патриарших приказах, обрався зятьями своими и друзьями". Наконец, соблазн Никонова дела был вреден православной церкви в борьбе ее с расколом; раскольники получили возможность говорить: "Аще Никон, наставник ваш, правый путь вам обрете, то почто его изгнасте? Когда ученицы на учителя своего ратуют? Аще ли Никон враг богу и богородице и святым его и вам, то почто его пестрые законы держите?"
Кончилось Никоново дело; но печальное впечатление, какое оно должно было произвести, подновилось делом коломенского архиепископа Иосифа. Этот архиерей позволял себе сердиться на то, что при общей земской тяжести от продолжительных войн подати падали и на церковные имущества. Станет Иосиф прохладен (навеселе) и не щадит никого: ни царя, ни патриарха, ни бояр, говорит про великого государя, что "не умеет в царстве никакой расправы сам собою чинить, люди им владеют; прежние государи святые места снабжали, а теперь разоряют, берут всякие подати лишние большие; а бояре, Хамов род, государь того и не знает, что они делают; а патриарх Иоаким мало и грамоте умеет; на соборе только и говорит нижегородский митрополит да я, а патриарх только бороду уставя сидит, ничего не знает, непостоянен, трус, прикажет благовестить то так, то иначе, а поучение станет читать, только гноит, и слушать нечего". Иосиф тронулся новым временем: позорит патриарха за невежество, за неуменье говорить на соборе, читать поучение. Но требовательный мудрец не понимал одного, что высшая мудрость для архиерея состояла в уменье самому привыкнуть и других приучить к христианскому обращению с ближними, заставлять дурного воеводу переменять свое обращение с подчиненными, а не самому превосходить жестокостями самого дурного воеводу: кого начнет смирять Иосиф, кричит: "Кто вас у меня отнимет? Не боюсь я никого, ни царь, ни патриарх вас у меня не отнимет". Виноватым наказанья были жестокие: били шелепами и плетьми, сажали на цепи, дня по три есть не давали; холодною водою со снегом за заутренею соборных попов и певчих знобили, водою поливали, снег за пазуху клали, какого-то Петрушу Кириллова сам архиерей на молебне в соборной церкви зашиб до крови; попов бил плетьми нагих и приговаривал: "Бей гораздо, мертвые наши!" Иосиф на соборе во всем заперся, на очных ставках против свидетельств никакого ответа не дал. Собор произнес низвержение; патриаршая грамота, перечисляя вины Иосифа, между прочим, говорит: "Зверским весьма образом и стремлением уловляше овцы во снедь своего зверообразного глощения, сиречь безмерного мздоимания и неправды. Ему же никоего же оправдания во своих винах нам изнесшу и от обличник своих во всем обличену и укорену бывшу и весьма яко нему и безгласну стояшу". Иосиф был сослан в один из новгородских монастырей, но с правом управлять им.