Через два месяца по осуждении духовника Андрея собор осудил на исправление старого заточника, Никона, который, как видно, был в приязненных отношениях к осужденному духовнику. С известием о кончине царя Алексея приехал в Ферапонтов монастырь Федор Лопухин. Никон выслушал неожиданное известие в сильном волнении, слезы выступили у него на глазах, но жесткие слова показали, какое чувство сейчас же взяло верх. "Он будет судиться со мною в страшное пришествие Христово", - сказал Никон, и когда Лопухин начал упрашивать его дать покойному письменное прощение, то Никон отвечал: "Подражая учителю своему Христу, повелевшему оставлять грехи ближним, я говорю: бог да простит покойного, но письменного прощения не дам, потому что он при жизни своей не освободил нас от заточения". Никон не воображал, что если царь Алексей при жизни своей не вывел его из Ферапонтова, то смерть царя приготовила ему еще большую беду, на которую, впрочем, он сам напрашивался. 13 апреля пристав Никона, кн. Шайсупов, дал знать, что Никон требует отправления в Москву Игнатия Башковского и дворовой его женки Киликейки, зная за Башковским великого государя великое и страшное дело; в челобитной, присланной Никоном по этому случаю, он подписался патриархом. Этого уже было достаточно, чтоб возбудить гнев настоящего патриарха; кроме того, Никон сам послал на себя в Москву доносчика в то время, когда доносы на него начали принимать охотно. Башковский рассказал, что Никон лечил крестьянина Кириллова монастыря и больной умер от его лекарства, что Никон из своей кельи стреляет из пищали и застрелил птицу баклана, что к Никону приезжает много родственников его из Курмыша. В это же время переменен был пристав, князь Шайсупов; он также, приехав в Москву, порассказал много разных вещей про Никона, рассказывал, что Никон ни в чем его не слушал и никому слушать не велел; приказал себя называть и в письмах писать св. патриархом; на озере и по дороге на крестах сделал надписи: "Смиренный Никон, божиею милостию патриарх поставил, будучи в заточении за слово божие и за св. церковь". Баклана подстрелил и велел у него крылья, голову и ноги отсечь за то, что он поедал у него рыбу. На кого Никон осердится, тех людей стрельцы и монастырские служки били палками и плетьми; хвастал Шайсупову, что наперед предсказал Родиону Стрешнев разорение от Стеньки Разина; присланному из Москвы Лопухину говорил, что у него в Турции живут свойственники, четыре чело века стряпчих, и деньги к ним посланы, что цареградский патриарх проклял патриархов, которые его, Никона, осудили, и называл патриархов ворами. По преставлении царя Алексея во весь Великий пост пил допьяна и, напившись, всяких людей мучил безвинно по его же приказу старца Пафнутия били на правеже целую неделю в Великий пост; своими руками бил служку Обросимова, который от этих побоев умер; старца Лаврентия били палками, а после Никон его запоил вином, отчего тот и умер. Игумен с братиею и служки приходят к Никону в праздники, и он, сидя в креслах, дает им целовать руку; сделал у себя приказ и губу. Приезжала к нему девица 20 лет с братом, малым ребенком, для лечения и Никон ее запоил допьяна, отчего она умерла.
Новый пристав Ададуров, как приехал в монастырь, так на писал в Москву, что Никон живет вовсе не заточником: построено у него 25 келий, из них поделаны сходы и всходы и окна большие в монастырь и за монастырь, и живут в этих кельях всяких чинов люди человек с десять.
Явился новый доносчик, самый близкий человек, Никонов келейник старец Иона. Он объявил, что Никон в церковь ходит мало, за государя и патриарха бога не молит и священникам, которые живут у него, молить запрещает; когда бывает в церкви никого не пускает, причащается в алтаре у престола с служащим попом вместе; отца духовного не имеет четвертый год, на ектениях поминает себя патриархом московским; государево жалованье присланное к нему, ни во что ставит, ногами топчет и всякими неистовыми словами великого государя злословит, и т. д.
На основании этих доносов Иоаким с собором приговорили исправить Никона, и великий государь отправил в Ферапонтов монастырь думного дворянина Желябужского да архимандрита Павла с приказом - перевести Никона в Кириллов монастырь; жить у него в келье двоим искусным добрым старцам, подобающую ему честь воздавать, а других иноков и мирян не пускать, чернил и бумаги не давать, никакого приношения к нему не принимать. 16 мая 1676 года посланные получили наказ, в июне приехали в Ферапонтов монастырь и после обедни прочли Никону указ и вины. Никон слушал указ со смирением, без всякого прекословия; обвинения - одни отверг, другие объяснил, например: "Ивашка Кривозуба, который на меня извещал, за его воровство, по сыску, бил я с игуменом и священником вместе; неволею я никому но приказывал целовать себя в руку, а которые люди ко мне приходили, и я им руку целовать давал. Губы я у себя не заводил, а сыскивали мы с игуменом вместе про Ивашку Кривозуба. Кельи строены по указу царя Алексея Михайловича, за великого государя и за вселенских патриархов всечасно бога молю, а за Иоакима патриарха не молю, потому что писал вологодский архиепископ в Кириллов монастырь и велел бога молить за себя, а не за патриарха да потому что от него, Иоакима, всякое зло учинилось и ныне меня губит, а попам я за патриарха Иоакима бога молить не заказываю. С служащим священником Варлаамом причащался я у престола в алтаре, а у отца духовного не бывал года с три, потому что отец мой духовный, кирилловский архимандрит, ко мне не ездит; на ектеньях священники и дьяконы как хотят, так меня и поминают, а я им не заказывал; московским патриархом я себя называть не веливал и никого к этому не принуждал, которые присыльщики приезжали от царя Алексея, и они называли меня великим святым отцом. При князе Шайсупове за лекарством ко мне хаживали, и князь ко мне ходить всяким людям не запрещал, а только бы от него заказ был, и я бы к себе никого ни пускал; а как Ададуров приехал и не велел ко мне никого пускать, и я никому к себе ходить не велел".