Феофан Прокопович упоминает об обер-прокуроре синодальном. 11 мая 1722 года государь указал Сенату: "В Синод выбрать из офицеров доброго человека, чтоб имел смелость и мог управления синодского дела знать и быть ему обер-прокурором, и дать ему инструкцию, применяясь конструкции генерал-прокурора". Выбран полковник Болтин. Подчиненные Синоду приказы были: 1) духовная дикастерия в Москве, где управителем был синодальный советник архиепископ крутицкий, асессорами - три архимандрита; 2) Монастырский приказ, где управителем был судья, при нем советник и два асессора - все светские; 3) Приказ церковных дел, где был судья архимандрит и при нем игумен; 4) Канцелярия розыскных раскольничьих дел. При Сенате находился духовного Синода агент. Члены Синода нередко призывались в Сенат для общих совещаний, секретных и несекретных. Иногда при этих заседаниях присутствовал сам государь. Так было 12 апреля 1722 года, когда было рассуждаемо и постановлено: когда кто сговорит для вступления в брак, то отцов и матерей жениха и невесты приводить к присяге, что брак заключается по согласию их детей; из нижних чинов люди дают эту присягу при священниках и судьях светских, а знатные - при синодальных членах и архиереях. В домах господских церквей строить не позволять; в монастырях церквам быть одной соборной, другой - теплой, третьей - больничной, чтобы больше служб не было, а прочие церкви оставить разве для праздников годовых. При этом новгородский архиерей Феодосий предлагал, что больше трех церквей не нужно, потому что иконостасы, церковные уборы и кровли тратятся. Больных солдат, которые посланы будут в монастыри, причитать вместо убылых старцев и содержать их в монастырях, а кто в монастырях жить не захочет, тем корму не давать. Меншиков заметил, что этого нельзя сделать, потому что многие больные имеют жен. В этом же заседании определено было принять энергические меры для поддержания православия в польских областях, именно Феодосий новгородский предложил об утеснениях православным в Могилеве; Петр отвечал, что надобно туда определить комиссара для наблюдения, и если гонение не уймется, то с гонителями надобно управиться, как пристойно; в то место, где православные, послать резидента, который должен купить двор и построить для православных церковь. Постановлено также: в монастырях и церквах надгробные камни опустить в землю и надписать наверху их, кто погребен, и который камень останется, употребить на мощение и починку церквей. В монастырях женских сделать госпитали и перевесть женские монастыри туда, где каменные ограды. Тут же Синод предложил: раскольникам носить платье, как и бородачам, старинное, кроме красных цветов, потому что при том Платье для признаку раскольники должны носить красные козыри. Государь согласился на это предложение.
При самом учреждении своем Синод должен был заниматься известным нам делом о разводе Салтыковых, делом новым и трудным. По поводу этого дела Феодосий новгородский писал императрице Екатерине: "Всенижайше доношу вашему величеству о деле г. Салтыкова с женою его, которые хотят, чтоб дело по их желанию было сделано, а виноватого б не было, к тому ж и чести своей очень берегут и один другому не уступает; когда она подала челобитну на мужа в Синод, тогда его в С. - Петербурге не было, а когда он прибыл, тогда она из С. - Петербурга провалилась, а он без нее не хочет против ее челобитья ответствовать, отчего немалая в Синоде трудность. И ежели впредь так будут поступать, то нам нечем будет и начать. Не изволите ли, ваше величество, уведомиться чрез царевну герцогиню курляндскую о ее, Салтыковой, от мужа в Митаве побоях, такожде и у доктора ее высочества, который ежели ее, Салтыкову, после тех побоев пользовал лекарствами; секретарю вашего величества взять бы сказку за рукою оного доктора, которая бы нам к решению дела много помогла, понеже побоев смертных и несмертных никто так тонко не может рассуждать, как докторы. Сие написав, ежели что непристойное, всенижайше прошу прощения". В этом любопытном письме вскрываются причины той медленности, какою отличалось тогда наше судопроизводство. Отец Салтыковой, князь Григорий Федорович Долгорукий, также в письме к императрице указывает на другие причины медленности: "Всем обидимым милостивая мать! Известно вашему величеству, какие дочь моя от мужа своего нестерпимые обиды и смертные побои терпела и совсем ограблена и ныне без всякого милостивого страждет рассуждения, что еще по се время не только правого решения и ни начала по неусыпному моему прошению в ее известном деле нет, когда многие противные сильные особы людей в пользу его просят и принуждают, а моего никакого истинного прошения принять не хотят и к себе ни с какою истиною меня не допускают; того ради помянутый зять мой к Москве и по деревням всегда ездит и доныне гуляет и веселится и мне ругается, и я с моею фамилиею в слезах, едва жив, обретаюсь, что по се время ни в которой коллегии ни единого моего правого дела окончить, ни правым, ни виноватым учинить не хотят, токмо бесстыдно все продолжают до того времени,чтоб я отсюды по-прежнему отъехал".